NVIDIA在RTX 50 FE公版显卡上引入了创新的“Double Flow Through（双流式）”散热方案。该方案采用3D均热板与5根热导管紧密贴合高密度PCB，并通过无遮蔽的散热鳍片与两颗风扇实现高效散热。相比之前系列，RTX 50系列公版显卡在散热效率上有了显著提升，即便RTX 5090功耗达到600W，风扇噪音仍能控制在30至35分贝之间。

此外，RTX 5090公版显卡因仅配置双槽散热器，成为市面上唯一符合NVIDIA SFF（小型化）规范的RTX 5090显卡，这一设计进一步提升了显卡的适用性和散热性能。